2011년 후쿠시마 원전사고로 인해 해양오염 사고가 잇따르고 있는 가운데, 어류나 해조류에서 추출하게 되는 오메가3 역시 안심하고 섭취할 수 있는가에 대한 논란이 끊이지 않고 있다. 

일반적으로 오메가3는 등 푸른 생선의 어유에서 추출하는 경우가 많다. 이를 동물성 오메가3라고 하는데, 가급적 오염이 없는 청정해역에서 어획한 소형 어류를 사용하는 것을 원칙으로 한다. 먹이사슬 하단에 있는 30cm미만의 정어리, 멸치 등을 원료로 할 경우 중금속과 환경호르몬의 위험이 낮고, 오염물질에 대한 노출이 적기 때문이다.

오메가3를 추출과정에서 사용되는 기술 역시 오메가3의 품질을 좌우하는 중요한 요인이다. 오메가3 함량을 높이기 위해 160℃의 고온에서 반복적으로 가열 과정을 거쳐 농축할 경우 오메가3 지방산의 분자구조는 불안정해지고 산화 위험이 높아지게 된다. 또한 추출 과정 시 화학용매제인 헥산을 사용하면 최종 제품에 소량의 잔류량이 남을 수 있으므로 오메가3를 추출할 때는 약 45℃ 저온에서 헥산 대신 이산화탄소를 사용하는 것이 안전하다.

최근에는 중금속 노출에 민감한 임산부나 채식주의자들을 위한 식물성 오메가3도 각광을 받고 있다. 해조류가 해양 생태계 먹이사슬 최하위 기초생산자이기 때문에 오염에 대한 염려가 전혀 없으며, 어유 특유의 비린내도 없어 선호도가 높아지고 있다.

미나미뉴트리션 관계자는 "어유라고 해서 무조건 중금속 위험이 있는 것은 아니며, 원료와 추출방식의 차이가 결국 최종 제품의 안전성과 품질에 직결된다"며 "특히 먹거리에 민감한 임신부의 경우는 개개인의 식습관에 따라 동물성, 식물성 제품을 다양하게 고려하는 것이 좋다"고 설명했다.